许多小型激光眼科机构在实施LASIK手术时，为降低手术成本，并未严格实施“一人一刀片”的原则，将一次性手术刀片反复使用，大大增加了交叉感染等医疗隐患，“飞秒激光”使人类第一次在角膜手术上离开了板层刀，手术过程中发生交叉感染的情况就成为了历史。
飞秒激光治疗近视优势就是安全，风险小。在传统板层刀手术中，如果刀片旋转过程中发生负压环松脱等意外，角膜瓣的制作将彻底失败，手术只能等三个月以后再做，给患者和医生带来极大的心理压力。而“飞秒激光”手术如出现类似意外的情况，医生只需将负压环再次戴上，立即补充激光即可，不需中断手术。因为飞秒激光在制作角膜瓣时，只产生一些水和气泡推开角膜组织，对组织无损伤，可对同一患处进行多次手术，安全性大大提高。
“飞秒激光”可以精确地打开眼部组织分子链，制作出更均匀的角膜瓣，有效避免了板层刀制瓣可能出现的医源性像差等，避免了雾天、下雨天以及夜晚开车等视物条件下出现的眩光、模糊等情况，让近视者获得良好的视觉质量。
飞秒激光脉冲还可以在角膜组织中进行任何角度和任何范围的堆砌聚焦，形成角度不同，范围不同的组织分离，所以，飞秒激光可以在角膜移植手术和lasik手术中对眼角膜进行片状切削，制作精美的植片和角膜瓣。
